这些日子，在朱济世忙于整顿江南地盘的同时，杨秀清的主要精力则放在两个方面。一是南征；二是在直隶、北京推行那个让某些西方学者鼓掌叫好的《天朝田亩制度》。
不过这件事情开展的都不太顺利。
不知道是不是因为林则徐、曾国藩他们找到了对付太平军的法门——结营寨、守坚城、打呆仗。还是因为太平军的锐气都耗在了北伐之战当中。总之，这一次太平军的南征似乎遇到了不小的困难。在山东方面，林则徐坚守济南，曾国藩立寨泰山，孔繁灏则死守老巢曲阜，都是深沟高垒不予战。曾天养指挥的10个军近13.6万太平军的兵力虽然不弱，却不敢猛攻地形险要的坚城济南，只是分兵看守。然后又移师泰山，曾国藩又坚守不出。再攻曲阜，结果孔家发动宗族子弟据城死守，居然也让曾天养一时奈何不得。而就在曾天养进退两难的时候，朱明的水师又占领了长山列岛，锁住了渤海湾入海口，又重建了东江镇，不仅威胁辽东半岛，还对曾天养的后路构成威胁。不得已杨秀清只得从北京派出部队，看守沧州、滨州、东营等地，以防朱明军队登陆。
与此同时，在直隶、北京实行《天朝田亩制度》一事，同样遇到了不少麻烦。平分土地加上军****，从理论上讲，似乎是能最大限度集中财力、物力、人力，将之用于战争和建设。然而在实行的过程中，杨秀清遇到了一个最最基本的问题——太平天国的官吏素质太差，数量也不足，根本无法实行《天朝田亩制度》，无法管理一个军****的行政体。
如果说朱济世在南朝部分省份实行的“秀才为官，官衙下乡”，已经造成了官员数量偏多，行政成本较重，拖累了朱明的统一步伐。那杨秀清搞得《天朝田亩制度》简直就是官员爆多了！他是将老百姓当成军队进行管理、编制的，每一万三千多家为一军，便有各级官吏一千好几百人之多！整个直隶、京师，户口多至数百万家，若编成数百个军，岂不是要几十万官吏？如果太平天国取了天下，这官吏数目怕是要有上千万了吧？杨秀清上哪儿找那么多信仰上帝（杨上帝），又不要钱不要命，一心一意为天国卖命的官员？
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